黄柏的留种，一般应选15年生以上的壮龄黄柏树作采种母树，因为幼龄黄柏所结的果实种子少，常未熟即脱落，质量差。
母树的生长情况和所处的环境，与种子产量和质量都有密切关系。如混生于杂木林中，避风而稍有蔽荫的山间谷地的母树，株形优良，冠大枝多，结果丰满，种子发育健壮，产量高，质量好；若生长在土层干旱瘠薄或空旷地带，感染病虫害的母株，则株形低劣，生长畸形，种子产量和质量都差。故应选择中、低山的中下腹或山谷、河谷两岸缓地，土壤深厚，排水良好的田地作为种田，株形优良、健壮而生长旺盛的植株采收其种为好。
黄柏果实成熟因各地气候条件影响而有所差异。北方果实成熟期一般在9——10月间，南方一般在10——11月间。果实成熟时呈紫黑色，种子即已成熟，此时即可采收；未成熟果实的种子不能作种用。同株黄柏果实成熟期也不一致，在大多数果实成熟时，才可采收供种用。待果实成熟变黑，直接剪下或摘下果枝，采后将鲜果放入缸中浸泡或堆积成堆，上盖稻草或麻袋，经10——15天后取出，把果皮掏烂，搓出种子，用筛子在清水中漂洗，去掉果皮、果肉、空壳和杂质，捞起种子阴干或晒干，忌烈日曝晒或用火烘烤，以免降低发芽率。采用堆沤的方法除去果皮、果肉，需注意堆沤时间，不宜太长，并须经常翻动、加水，否则种子由于堆内发热而影响质量。种子干后用袋包装，贮放在干燥通风处，或置于冷凉处（温度为3℃——5℃）保存，种子发芽能力可保持两年以上。黄柏种子可以混湿砂贮存效果较好，能提高发芽率。
砂子和种子的比例为3∶1，为了保持一定湿度，少量种子砂藏后可装入花盆埋入室外土内。种子多时可挖坑，深度30厘米左右，把种子混入砂中装入坑内，覆土6——9厘米，上面再覆盖一些稻草或杂草。有条件的地区可以随采随播，不必贮藏，也不影响发芽率。
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