微生物在分解利用绿肥的同时，释放出养分，这就是所说的矿化作用。相反，微生物把绿肥分解过程中的一些中间产物合成腐殖质，就是所说的腐殖质化作用。腐殖质是高分子化合物，有很高的盐基代换能力，能与土壤中的无机化合物相结合。据中国科学院南京土壤研究所研究证明，大约占土壤有机碳总量50%以上的腐殖质参与土壤复合体，这些复合体是形成良好土壤结构的重要条件。应用电子显微镜扫描看出，施用不同的绿肥，土壤的复合度不同，如禾本科黑麦草与豆科若子混播的土壤复合度，比单播若子的高24.500并且复合的牢固程度更大。所以，在一定条件下，土壤中翻入棍播的豆科、禾本科绿肥越多，对形成良好的水稳性土壤结构越有利。另外，绿肥作物的根系在土壤中生长时能产生挤压力量，挤压其旁的细碎土粒，使与土壤中的钙结合，有利于形成团粒结构。由于绿肥改善了土壤的结构，有利于土壤水、肥、气、热的协调。
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