药用牡丹在定植后第二年春季一般有}o%植株开花结果，第三年春季开始进入盛花期，每株开1--3朵花，第四至第六年春季每株可开5}-15朵花，每朵花的果实内有种子30-70粒。7月下旬种子成熟时，采回摊放室内，其厚度以20厘米为宜。室内不要过于通风，以保持一定的湿度。若天气过于干燥，宜喷洒少量水，每天翻动1一2次，以免发热，待10-15天后，果实自行裂开，即可除去果壳，收集种子，当年进行秋播。播种前，种子需用湿砂进行层积贮藏。
牡丹种子千粒重。.3千克左右，牡丹种子上胚轴和下胚轴有休眠特性，使得秋播种子当年不能萌发，只萌芽长根，次年早春出苗。早春萌苗4}-5月开花，7月中旬果熟，10月上旬地上部开始逐渐枯萎。种子寿命不长，隔年种子发芽率仅30%左右。
果初裂种子呈褐色或微变黑时及时采收。牡丹种子的结构直接影响其萌发，但是有关的资料还甚少，种皮的透水和透气性是影响种子萌发的重要因素。50℃水温浸种24小时;或浓硫酸浸泡2--分钟，或95%酒精浸泡30分钟，均可软化种皮促进萌发。但是牡丹种子在胚根显露前约有2个月的后熟期，去除种皮及各种理化处理均不能显著地促进其萌发。
牡丹种子有上胚轴休眠现象，层积((50C)可以打破其休眠。赤霉素(100 --300毫克/升)能代替低温处理促进牡丹种子萌发，赤霉素直接处理牡丹种子促进胚根生长，而对解除上胚轴(胚芽)休眠无效;当胚根生长到4厘米左右时以100毫克/升赤霉素处理，胚芽在25℃恒温箱中100%生长。凤丹种子的萌发需经历有序的后熟、生根和长芽三个阶段，某一阶段的条件不能满足或不按该顺序进行，即不能萌发成苗，先20-25℃后5℃处理可以解除丹凤种子的休眠。胚根生长3厘米以上的种子以5℃处理1--2周或10毫克/升赤霉素处理1天，可以打破上胚轴休眠。
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