有机生态型无土栽培的灌溉是日常管理的主要工作之一，但同时又是最简单的工作之一。对管理者并不需要特别的经验，一般只需按既定的程序既可。总的原则是给足水分。但对于有一定经验的管理者，根据植株的不同形态、外界不同气候的影响、基质自身的情况进行适当的控制与补充仍然是有必要的。
对春茬番茄来说，定植初期适当控制一下长势是有好处的。根据情况进行适当控温或控水，注意不要使基质过度缺水，视情况也可隔1天少量浇一次水。此后视植株的大小和天气情况来灌溉，当植株开始开花坐果以后，就不再进行控制，而是以促为主，视天气情况
控水。如果是阴天，则每天上午14时左右浇水一次，时间约为15一20分钟；如果是晴天，则上午9时左右浇水1次，下午2时左右一次，时间均为15分钟。到5月份盛果期，外界气温较高，光照较强，可适当延长每次灌溉时间，增加灌溉次数。
如果采用定时和电动设备，灌溉基本可以实行自动化控制，只是在不同时期需对定时装置作适当调整。如果采用电脑控制，则可实现完全的自动化灌溉了。
追肥日期一般在定植后14-30天开始，此后每隔15-20天追施一次。追肥以穴施效果最好，也可以撒施或堆施。穴施的方法是在每两株作物中间用削尖的木棍打孔，把所用的肥料施于孔中；施完后用基质覆盖。撒施或堆施最好把肥料施于覆盖滴灌带的塑料膜下。在没有将追肥机械化之前，这个工作需要由人工完成。
典型的全有机型采用消毒膨化鸡粪：豆饼2:1进行追肥，每株每次用量为15克。有机无机型采用有机生态型无土栽培专用肥进行追肥，每株每次用量为10克。
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