当第一朵花蕾充分膨胀并着色时采收最合适。但如果采收的花茎有10个以上的花蕾，则必须有3个花蕾着色后再采收。若采收太早，则花朵难充分开放；采收太晚，如花朵开放后，运输时花瓣会擦伤，花粉会污染到花瓣。若需要，可切去已开的花或剪去雄蕊。剪取花枝时，为保证鳞茎继续生长，地面以上植株应保留1 cm以上和部分叶片以保证地下鳞茎的有机营养供应。如果剪去地上全部枝叶，鳞茎将休眠或坏死。
鳞茎采收
以收获鳞茎为目的的百合，现蕾时应摘除花蕾，以使营养集中供应鳞茎生长发育，保证种球品质，提高商品性。观赏百合种球和食用鳞茎的收获一般在地上部分枯死以后。长江流域的百合一般8月初地上部分即枯死，而大棚促成栽培的则与播种期有关。地上部分枯死后即掘起鳞茎，除去茎秆，堆放室内，切勿在阳光下暴晒，以防鳞片干枯。食用百合将根剪去，留种用的百合勿伤根系。
鳞茎贮藏
对于百合鳞茎最好的办法是冷藏，冷藏温度在2-5℃——10℃以上将迅速长根发芽。低温贮藏时间一般为68周。贮藏的时间越长，从播种到开花的时间越短。但是，贮藏时间过长会减少花芽的数量，贮藏时间越长则花芽越少。若要较长时间地贮藏百合鳞茎，必须采取冷冻处理。冷冻的百合鳞茎要用打孔塑料薄膜包装，里面填充稍微潮湿的锯末或泥炭土。冷藏处理要求温度恒定，因此，要求冷库必须有良好稳定的制冷、保湿功能。百合鳞茎要在下列温度下冷冻和贮藏：亚洲百合杂种系为-2.090;东方百合杂种系与察香百合杂种系同为一1.590。保持整个冷冻室温度一致特别重要，很小的温度差异都可能引起冻害或发芽。一般亚洲百合杂种系鳞茎可以冷藏1年，但贮藏时间超过半年就将减少花芽数，并会产生早期落蕾。东方百合杂种系和赓香百合杂种系最多贮藏7个月，超过7个月就会发芽或发生冻害。冷冻百合鳞茎出库后要逐渐升温解冻，然后在10--15℃条件下逐渐过渡，一旦解冻后就必须立即种植。如要远距离运输，则运输温度也应保持在0℃左右。
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