采收下来的种子应充分晒干，及时筛除杂质并选择种粒饱满形状良好的种子分别装入纸袋或布袋，注明种名及采种日期，置于低温及空气流通的地方贮藏。
贮藏种子要保持适当的温度，因为种子的生命活动是在一定的温度条件下进行的。贮藏环境温度过高，种子呼吸旺盛，酶的活动增强，加速种子的养分消耗，会使它丧失生命力；而温度太低会使种子内部水分结冰，也可丧失生命力。故对大多数花木种子来说，贮藏期间的温度以-5℃较为适宜。
另外，种子有很强的吸湿性能，如果贮藏环填的空气相对湿度过高，种子就会吸收水分，增加含水量。以致霉烂。所以大多数花木种子应于较干燥、通风的地方贮藏。
此外，对成熟期不同，成熟时易开裂失散的种子应随熟随采，尤其早熟的种子大都质量好，更须及时采收，如丁香、连翘、紫荆、牵牛、凤仙、蜀葵、金鸡菊等；而对成熟期较一致，果实成熟后不易开裂、失散的种子，可待成熟后一次割取，如鸡冠花、万寿菊、千日红、紫藤等。
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