砧木是嫁接苗的基础，正确地选择有利于接穗生长的砧木，对嫁接苗的生长发育具有重要作用。
在同属植物中，种与种之间嫁接虽然都具有一定的亲和力，但是亲和的程度却不大相同，因此嫁挑及活率也不一样。首先应选择亲和力强的植物作砧木，才能保证繁殖成功。在亲和力相同的砧木中，还应因地制宜地严格挑选。
例如，在嫁接梅花时，用杏、桃、梅的播种实生苗都能把它们接活，但是成苗后的表现却相差很大。嫁接在杏砧或梅砧上比嫁接在桃砧上寿命长，但开花晚；嫁接在毛桃上的耐湿力强，抗寒力弱，适合在南方使用；嫁接在山桃上的抗旱力强，也比较耐寒，但不耐水湿。因此宜在北方使用。
在嫁接月季时多用蔷薇作砧木二蔷薇的种类很多，和月季虽然都具有较强的亲和力，但是它们在杭病、抗寒力方面的表现却各不相同。嫁接在十姐妹比嫁接在白玉棠_巨的生长旺盛，但抗白粉病的能力很弱，嫁接在黄刺玫上的亲和力不如白玉棠，但抗寒力显著增强。
砧木的种类有时还能决定植株的高矮。例如盆栽大桃时，为了使植株矮化以利于陈设应当用株型矮小的寿星桃或愉叶梅作砧木。培育盆栽苹果时，应选用东茂林矮化砧作砧木，能使树体矮化。
此外，选用砧木除要求与接穗的亲和力强，对当地不良气候抗性强，对土壤的适应性强等基本条件外，还应对砧木的年龄、长势、繁殖难易、寿命长短等加以重视，因为这些因素对嫁接的成活率和嫁接苗品质的优劣影响很大。为繁育优质壮苗，应选用繁殖容易、寿命长、长势旺的幼龄砧木进行嫁接。
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