菊花严重的病害有菊花叶斑病，包括褐斑病、轮斑病等，平时统称为叶枯病。发病时先是菊花下部叶子出现回形、椭圆形或不规则的大小不等的黑色、黄色或紫褐色小病斑，以后逐渐扩大、增多，从贴近地面的叶片向上蔓延。严重时，病斑愈合，叶色变黄，随后发黑干枯，影响整个植株。
叶枯病是由病菌寄生而引起。每年4-10月为发病期，尤其5-7月，如遇连日阴雨，积水久湿，加上气温高，该病更容易发生。防治叶斑病可在初冬时割去地上部分的残枝病叶，集中烧毁，减少病源。翌春新枝要加强养，浇水时避免弄湿下部叶片，雨后应及时做好排水工作，发现病叶要及时除去。并可喷65%代森锌可湿性粉剂500倍液，或喷10%的波尔多液，每隔7-10天喷1次，连续3-4次，以控制病害。在发病前喷50%托布津1000倍液，或50%多菌灵500倍液，有良好的防治效果。
锈病也是菊花常见的病害，其中黑锈病、白锈病、褐锈病为害较普遍。发病初期，叶子表面出现白色、灰白色或淡褐色的细小斑点，以后逐步膨大呈稍圆形隆起，不久叶表面破裂，生出成堆橙黄色粉末，随风飞散而大面积传染。严重时很多病斑愈合成大块病斑，包围叶柄、嫩梢，使叶枯黄脱落，以致植株死亡。锈病均以病菌的抱子传染，气候潮湿时容易发生。防治锈病除注意土壤消毒外，在高温潮湿的季节可喷托布津或多菌灵预防。
由病菌传染发生的白粉病，每到秋末人冬时，在湿度大、光线不足、通风条件差的环境下容易感染发病。被害植株在叶、茎、枝和花蓄上长出一层白色粉末，使叶枯萎，花蕾不开。
特别是温室栽培，病势艾延迅猛，故需随时注意防治。对白粉病应以预防为主，可子8月上旬喷托布津或多菌灵，10月下旬植株放进室内以前再喷洒1次。
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