苗木常发生的病害有立枯病、根瘤病、叶枯病、叶斑病、叶锈病、白粉病、炭疽病等。这些病害是由于一些病原菌侵入到植物的机体里生长繁殖，掠夺植物体内的营养和水分，使植物体内的组织功能失调，导致其发病甚至死亡。病原菌的传播方式，分成土壤中传播和地上传播两类。
1 .苗木地下病害发生的机理育苗前土壤中的病原菌多，原因是：苗圃的前茬苗木曾经发生过地下病害，因此有大量病原菌残存；如苗圃前茬是马铃薯、地瓜、花生、棉花、烟草、瓜类等，由于这些作物有利于地下病原菌的繁殖，因此土壤中的病原菌较多；没有充分腐熟的土肥、厩肥带有大量病原菌，施入土壤后使地下病原菌增多。苗木健壮时，抵抗力强，病菌难以侵入。苗木长势弱，营养不足，抗病力差。苗木长势弱的原因往往是：如果种子质量差，由于先天营养不足，苗木不可能健壮；陈种子的生命力低，种子表面也常常带有病原菌，这样的种子一旦发芽，便马上会遭到病菌的侵害；苗圃地长时间积水，或苗圃土壤粘重，小苗弱，容易受到病菌的侵害；苗木受冻伤或太阳灼伤后，病菌容易侵入；管理差、不松土除草、干旱等都会造成苗木生长不良，时间久了病菌也会侵染苗木。
2 .苗木地上病害发生的机理地上传播的病原菌主要危害苗木的茎干和枝叶，如叶斑病、叶锈病、叶枯病、白粉病、炭疽病等。这些病原菌最初在枯落的病叶或枝条上生活和越冬。第二年天暖后，气候条件适宜时它们开始活动，并随风、雨及昆虫等扩散传播。当它们接触到苗木后，便会通过皮孔、细胞壁、伤口等处侵入到植物体中。首先使局部细胞组织坏死，在表面形成病斑。随着病菌的不断繁殖增多，病斑逐步扩大，最后导致苗木死亡。病苗和死苗又成为第二、第三病原菌的传播源，随着病菌的扩散，最后造成整个苗圃病害蔓延成灾。
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