绿肥对土壤水分的影响是个比较复杂的问题，必须从两方面考虑。
一方面，由于绿肥根系的穿透作用，使土壤大孔隙纵横交错，增加了土壤的透水性;又由于绿肥改善了土壤的结构，也增加了土壤的保水性，地面有绿肥作物覆盖和土壤结构的改善，降雨时能减少地表径流，截留大量雨水，这对山地果园控制水土流失和抗早保墒非常重要。
另一方面，绿肥作物在生长过程中，为维持其生命活动，需要消耗大量水分和养分，这样就有与果树争夺水分和养分的矛盾。不同的绿肥作物，对水分的需要量也不同，通常以蒸腾系数表示。蒸腾系数，即每生产一份干物质所消耗水分的份数。中耕作物的蒸腾系数平均为250，谷类作物为450;牧草类作物为700，紫花首猎超过800;果树的蒸腾系数要小得多，苹果为14 6-233，洋梨为284-353，欧洲葡萄为I 13-0-220。可见，牧草类作物耗水量最大，所以果园长期种植绿肥牧草作物会使土壤千早，特别在春夏干旱季节，果树常表现缺水，叶片萎蔫，叶色发黄，幼果脱落，新梢生长弱等。但绿肥生长与果树争水的矛盾，受当年雨水变化、绿肥生长状况和土壤管理措施等因素的影响。
绿肥作物与果树的争水矛盾，可通过灌溉、选择适宜的绿肥种类和品种、及时刘剧绿肥作物及加强对果树管理等措施，予以缓和或消除。在雨水充沛的年份、季节或地区，以及地下水位较高、土壤湿度较大的果园，绿肥作物消耗水分，对果树的生长和结果还是有利的，使花芽分化充分，枝条及早成熟，有利于果品质量的提高和增强果树的抗逆性等。药用植物与农作物间套模式 农作物和药用植物的间作套种，是新时期科学种田的一种体现，能有效地解决粮、药间的争地矛盾，充分利用土地、光能、空气、水肥和热量等自然资源，发挥边际效应和植物间的互利作用，以达到粮、药双丰收的目的。
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