黄柏的生境地理分布，因种不同，差异较大，黄檗垂直分布可达 700 米；黄皮树垂直分布可达 1500米。黄柏在海拔 600——700 米处的天然混交林中长势较好。 黄檗多生长在中、低山的中下腹及排水良好的河谷两岸缓地，土层干旱瘠薄的小山谷地也有分布，但生长不良。 黄檗适应性较强，为喜光耐寒树种。

生育期不耐蔽荫，喜生于疏林中。幼龄阶段对霜冻特别敏感，往往生长在局部低湿处的幼树如无其他植物覆盖，顶芽或嫩梢常常被冻死，或树干多叉，形弯，而随树龄的增长，抗寒力增强。在土壤深厚，排水良好的腐植土上生长良好，森林棕壤、森林灰化土也可正常生长，而粘土、沼泽土不宜生长。 黄檗生长发育，一般于 6 月上中旬开花，雌花期仅 3——5 天，雄花期可达 21 天；9 月中旬果实开始成熟，呈黑色。种子千粒重约为 12——15 克。

天然黄檗结实树龄，因生境而异，生于空旷处为7——10 年，生于林内则为 20——30 年。其生长速度因条件而异，在山坡下部的比坡顶的快。枝条萌发能力强，冬季采伐的树桩于翌春，可萌生新枝条，一般长度可达 0.5——1.5 米。黄檗木栓的形成，因树龄差异较大，有的个体幼苗时即有木栓，也有的个体 15 年生方生木栓。栓皮生长速度也因立地条件和个体而异，同为13 年生，栓皮生长了 12 年的植株，在山坡上部的厚度为 8 毫米，山坡腹部的为 11 毫米，山坡下部的为10 毫米。 黄檗幼苗 1 年生株高 40——75 厘米，茎粗 0.39——0.82 厘米。

实生苗从 10 年生则进入生长盛期，可持续 50 年左右。 黄皮树生长在温和湿润的气候环境条件下，多在海拔 100——1200 米的老林、灌木林中。秃叶黄皮树多在海拔 1050——1800 米的山坡。峨嵋黄皮树多在海拔1000 米以下的低山中。 黄皮树为较喜阴的树种，要求避风而稍有蔽荫的山间河谷及溪流附近，喜混生在杂木林中，在强烈日照及空旷环境下则生长不良。但生态幅度较广，高低山地均可生长，在海拔 1200——1500 米的山区，气候比较湿润的地方生长快。破伐后的黄皮树桩，萌生能力较弱，多数死亡。但侧枝破伐后，萌生力较强。萌生枝生长迅速，比繁殖枝快，当年可长 70 厘米，次春于枝端二叉分枝，如此二歧式分枝下去，3 年可达135 厘米，5 年可达 210 厘米。成年树上的繁殖枝，每年增长 14——22 厘米，枝端开花结果后，次年于侧芽对生分枝，3 年枝仅长 52 厘米。