黄柏原名“檗木”，始载于《神农本草经》，列为上品，“檗木味苦寒”，主五脏，肠胃中结热，黄疸，肠痔；止泄痢，女子漏下赤白，阴阳蚀创，一名檀桓，生山谷。《名医别录》称之为“黄檗”。但在尚志钧辑校的《名医别录》中，亦称之为“檗木”，未见“黄檗”字样。李时珍云：“檗木名义未详”。《本经》言：“檗木及根，不言檗皮，岂古时木与皮通用乎？俗作黄柏者，省写之谬也”。掌禹锡谓：“按《蜀本草图经》云：檗木，黄檗也。

树高数℃，叶似吴茱萸，亦如紫椿，终冬不凋，皮外白，里深黄色，其根结块如松下茯苓皮紧、厚二三分，鲜者上。二月、五月采皮，日干”。从本草的植物描述及所附原植物图看，古时药用的“檗木”或“黄檗”与现今的黄皮树（川黄柏）特征基本相符，系芸香科黄柏属植物。《名医别录》记载：“黄檗，生汉中山谷及永昌。”梁代陶弘景曰：“今出邵陵者，轻薄色深为胜，出东山者，厚而色浅。”《蜀本草图经》又谓：“（黄柏）出房、商、合等州山谷中，以蜀中者为佳。”宋代苏颂谓：“（黄柏）处处有之，以蜀中出者肉厚色深为佳。”以上诸家所说，论述了黄柏的产地、分布、生境及其与药材质量间的关系。

经查考，古时的汉中相当于今陕西汉中、南郑、城固一带；永昌相当于今云南西部地区；房州相当于今湖北房县、竹山、保康、竹溪等县地；邵陵相当于今湖南新化以南的资水流域；合州相当于今四川合川、铜梁、武胜、大足等县；商州相当于今陕西秦岑以南，洵河以东和湖北郧西县一带。国产黄柏分为川黄柏和关黄柏两类，大致是以陕西吕梁山及黄河为界，以南者为川黄柏。因此从本草记载古时的檗木产地分布情况来看，为现今的川黄柏，其原植物为秃叶黄皮树及黄皮树。本草所论述的“肉厚色深者为佳”至今仍不失为黄柏外观质量的评价标准。黄柏为我国传统的常用中药材，应用历史悠久，已有2000多年的药用历史，为五脏肠胃清湿热之药，表里上下俱到。表有热可治，表不热而里热亦可治。故《本经》云：“主五脏，肠胃中结热，黄疸，肠痔；止泄痢，女子漏下赤白，阴阳蚀疮。”皆属湿热之疴。

《别录》又补出：“疗惊气在皮间，肌肤热赤起，目热赤痛，口疮。”则所谓五脏肠胃者悉备矣。《本草拾》曰：“主热疮疱起，虫疮，痢，下血，杀蛀虫；煎服，主消渴。”朱震亨谓：“黄檗，走至阴，有泻火补阴之功，非阴中之火，不可用也。”《医学入门》：“黄檗，治眼赤、鼻查皮、喉痹及痈疽发背，乳痈脐疮亦用。”东垣云：“泻下焦隐伏之龙火，安上出虚哕之蛔虫，单治而能补肾不足，生用而能补阴痿厥，凡下体有湿，瘫痪肿痛，及膀胱水，小便黄，小腹虚痛者，必用之，兼治外感肌热，内伤骨热，失血遗精阴痿。”自晋代以来大量的医药文献中，均记载保存了黄柏的加工炮制经验。其炮制最早见于晋代葛洪的《肘后备急方》，要求“细焙”后用。南北朝时期的《雷公炮制论》中有：“凡使，用刀削上粗皮了，用生蜜水浸半日，令蜜尽为度。凡修事五两，用蜜三两”的记载。李时珍谓：“黄檗性寒而沉，生用则降实火，熟用则不伤胃，酒制治上，盐制则治下，蜜制则治中。”经本草考证，诸本草对黄柏植物形态、功能、主治、产地质量、加工炮制等的描述，与现代应用基本一致。认为古代本草所记载的“檗木”、“黄檗”及“黄柏”均指现今的川黄柏；关黄柏为后起药材，历代本草无记载，1941年《朝鲜药局方》有记载，1957年《辽宁药材》有记载。